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先天性输精管缺失可能是遗传导致的，少部分可能是母体受损导致的，导致男性缺乏生殖功能。
大部分研究中，先天性输精管缺失通常与遗传有关，可能是先天PNF2基因异常导致的。少部分也可能是因为在母体时，母体受到化学成分刺激、金属中毒等伤害，导致胚胎发育不良，从而引发了先天性输精管缺失。如果男性缺乏生殖功能，可能会有不育的情况，需要通过辅助生殖，而且很大可能会遗传给后代男性。
建议夫妻双方在怀孕前做好备孕准备，孕妇在孕期时也要定期产检，做到优生优育，避免后代出现遗传疾病。
